Os livros do The 39 Clues são divididos em quatro temporadas, além de livros adicionais.
Primeira Temporada[]
A Primeira Temporada do The 39 Clues, conta a historia dos irmãos Dan e Amy na caça das 39 pistas. Cada historia se passa em um país do mundo e é sempre focada em algum personagem ilustre.
No total são treze livros, sendo dez da historia original, dois livros adicionais e um livro de transação para a Segunda Temporada. O unico livro da Primeira Temporada não lançado no Brasil foi o Agent Handbook.
Serie Original:
Livros Adicionais:
Livro de Transação para a Segunda Temporada:
Segunda Temporada[]
A Segunda Temporada do The 39 Clues, conta a historia dos irmãos Dan e Amy, depois da caça as 39 pistas, e com a introdução dos Vespers, que são uma familia que buscam O Soro Mestre.
No total são dezoito livros, sendo seis da historia original, um livro de transação, quatros livros do Cahill files e sete livros do RapidFire. A segunda Temporada recebeu o nome de "Cahill vs Vesper".
Livro de Transação da Segunda Temporada:
Serie Original:
- A Conspiração Medusa
- Um Resgate Impossível
- Na Calada da Noite
- A Toda Prova
- Não Confiem em Ninguém
- O Fim do Mundo
Coleção Jogo Rápido:
Coleção The Cahill Files:
- Operação Trindade
- O Trabalho Submarino
- A Perseguição do Casaco Vermelho
- A Fuga Houdini
- Noite Silenciosa
- Espiões
Terceira Temporada[]
A Terceira Temporada, recebeu o nome de Imparável, a coleção será lançada na segunda quinzena de 2013. O novo enredo envia os protagonistas Amy e Dan Cahill com aventuras ainda mais longínquas à medida que eles exploram as civilizações perdidas do mundo. Depois ela e os editores da Scholastic afirmaram a nova introdução do segmento.
Serie Original:
- Nenhum lugar para correr - Jude Watson
- Ruptura - Jeff Hirsch
- Contagem regressiva - Natalie Standiford
- Ponto crítico- Gordon Korman
Livros Adicionais:
Quarta Temporada[]
A Quarta e ultima temporada se chamará Doublecross (em tradução livre: Traição), a coleção foi lançada no ano 2015.
Serie Original:
- Missão Titanic - Jude Watson
- Missão Hindenburg - C. Alexander London
- Missão Hurricane - Jenny Goebel
- Missão Atômica - Sarwat Chadda
Livros Adicionais:
Curiosidades[]
- Existem três livros com temática do Natal: Rapid Fire: Legado, Midnight Ride e The Cahill Files: Noite Silenciosa.
- Existe uma fanfic oficial digital chamada Worlds Collide, esta história por ser um presente pro fãs não entra no cânone oficial da saga.