A Segunda Temporada do The 39 Clues, conta a historia dos irmãos Dan e Amy, depois da caça as 39 pistas, e com a introdução dos Vespers, que são uma familia que buscam O Soro Mestre.
No total são dezoito livros, sendo seis da historia original, um livro de transação, seis livros do Cahill Files e sete livros do RapidFire. A segunda Temporada recebeu o nome de "Cahill vs Vesper".
Livro de Transação da Segunda Temporada:
Serie Original:
- A Conspiração Medusa
- Um Resgate Impossível
- Na Calada da Noite
- A Toda Prova
- Não Confiem em Ninguém
- O Fim do Mundo
Coleção Jogo Rápido:
Coleção The Cahill Files: